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Nat Commun:人工智能幫助找到導(dǎo)致胃癌的基因突變!

   日期:2018-04-27     瀏覽:105    
核心提示:發(fā)布日期:2018-04-27 ? 在一項(xiàng)開創(chuàng)性研究中,來(lái)自新加坡基因組研究所(GIS

發(fā)布日期:2018-04-27

 

  在一項(xiàng)開創(chuàng)性研究中,來(lái)自新加坡基因組研究所(GIS)科技研究局的研究人員開發(fā)了一種全新的機(jī)器學(xué)習(xí)計(jì)算機(jī)模型(一種人工智能模型,AI)來(lái)準(zhǔn)確尋找腫瘤突變。他們還發(fā)現(xiàn)了一個(gè)非編碼DNA的新基因突變可能導(dǎo)致了胃癌。這項(xiàng)研究開發(fā)出的新技術(shù)將在未來(lái)幫助研究人員探索其他腫瘤中非編碼DNA突變的影響。

  癌癥是全球最大的致死因之一,而胃癌是全球第四最致命的癌癥。癌癥由于DNA突變導(dǎo)致細(xì)胞異常生長(zhǎng)所致。我們基因組中那2%的可編碼DNA已經(jīng)得到了充分的研究,但是其他98%的非編碼DNA仍然處于無(wú)人所知的狀態(tài)。非編碼DNA可以調(diào)節(jié)基因活性,而越來(lái)越多的證據(jù)表明這些基因區(qū)域的基因突變也會(huì)促使癌癥的發(fā)生發(fā)展。

  在這項(xiàng)研究中,研究人員創(chuàng)造了兩種AI方法掃描212個(gè)胃癌組織的全基因組,如果使用現(xiàn)有的標(biāo)準(zhǔn)模式計(jì)算機(jī),需要30年才能將數(shù)據(jù)分析完。通過使用GIS和新加坡國(guó)家超算中心(NSCC)的計(jì)算機(jī)群,研究人員成功的找到了基因組中的幾個(gè)新的癌癥相關(guān)基因突變,分析還顯示非編碼DNA突變可以通過改變基因組的三維結(jié)構(gòu)而引起癌癥。

  GIS研究員和該研究領(lǐng)導(dǎo)科學(xué)家Anders Skanderup博士說(shuō)道:“我們聚焦于使用計(jì)算和數(shù)據(jù)驅(qū)使的方法來(lái)研究癌癥的根源,以幫助開發(fā)更有效的應(yīng)對(duì)策略。我們的分析顯示有11處非編碼基因的突變會(huì)調(diào)節(jié)基因組的三維結(jié)構(gòu),差不多每4個(gè)胃癌病人就有一個(gè)人的這些區(qū)域有突變。”

  他繼續(xù)說(shuō)道:“這些非編碼基因突變?cè)谄渌┌Y(如結(jié)直腸癌、胰腺癌和肝癌)中也有。因此這些基因突變可以作為檢測(cè)和監(jiān)控這些疾病進(jìn)展的生物標(biāo)記物。”

  GIS的常務(wù)董事Ng Huck Hui教授說(shuō)道:“過去的研究只關(guān)注尋找編碼DNA,但是這類DNA只占我們基因組的2%。因此多年以來(lái)都有一個(gè)疑問:我們是否因?yàn)楹雎粤似溆嗟?8%的DNA而錯(cuò)過了重要信息?這是首個(gè)研究非編碼DNA對(duì)胃癌影響的研究,我們希望這項(xiàng)研究可以激發(fā)更多的研究人員參與類似的研究以揭示這些特殊突變的機(jī)理和影響。”

  參考資料:

Yu Amanda Guo et al. Mutation hotspots at CTCF binding sites coupled to chromosomal instability in gastrointestinal cancers, Nature Communications (2018). DOI: 10.1038/s41467-018-03828-2

 

來(lái)源:生物谷

 
 
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